Jony azotanowe są ostatnim istotnym produktem bakteryjnych przemian azotowych, powstających przez utlenianie znacznie bardziej toksycznych jonów azotynowych. Azotany są najmniej toksycznym związkiem azotowym spośród związków wchodzących w cykl azotowy (NH₃, NO2_–). Mimo, że stanowią one znacznie mniejsze zagrożenie niż wspomniane wcześniej związki azotowe, mogą ulegać ciągłej akumulacji, aż do osiągnięcia stężenia toksycznego najpierw dla ikry i narybku a potem dla wszystkich zwierząt akwariowych.

W dojrzałym słodkowodnym akwarium roślinnym jony azotanowe są dobrze przyswajane przez roślinność zużywającą je jako materiał budulcowy. Zbyt niskie stężenia azotanów, mogą powodować zatrzymanie wzrostu roślin. Z tego powodu w akwariach roślinnych kluczowe jest ciągłe monitorowanie stężenia tego jonu tak aby zachować równowagę pomiędzy działaniem toksycznym a zapewnieniem stężenia optymalnego dla wzrostu roślin.

Z uwagi na fakt, iż azotany są głównym źródłem dla roślin makroelementu jakim jest azot, w akwariach roślinnych istotne jest utrzymanie stężenia tego jonu na poziomie zapewniającym optymalny wzrost roślinności przy jednoczesnym braku toksyczności dla zwierząt.

Zalecane stężenia azotanów:

• Akwaria słodkowodne ogólne z roślinnością: <40 mg/L
• Akwaria z dyskowcami: <30 mg/L
• Akwaria morskie: <20 mg/L
• Akwaria do rozrodu – zwykle dąży się do wartości jak najniższych niemniej jednak dokładne wartości zależą od gatunku ryb

Najprostszą metodą walki ze zbyt wysokimi stężeniami azotanów są podmiany wody. W przypadku kiedy stosowana jest woda kranowa zamiast wody RO, najpierw należy zmierzyć stężenie jonów azotanowych w wodzie używanej do podmian ze względu na to, iż w niektórych rejonach woda kranowa może zawierać istotne stężenia azotanów (dotyczy to w szczególności wody pobieranej ze studni). 

W przypadku akwariów słodkowodnych w walce z wysokim stężeniem azotanów może pomagać gęstsze obsadzenie akwarium roślinnością. Szczególnie dobrze będą się spisywać gatunki roślin o wysokich wymaganiach azotowych (np Pistia sp.). 

Kolejną metodą redukcji stężenia azotanów może być zastosowanie żywic jonowymiennych w postaci wkładów do filtra.

Jeżeli mimo podjęcia działań mających na celu obniżenie stężenia azotanów, nie następuje redukcja stężenia, należy zastanowić się czy akwarium nie jest przerybione bądź czy nie podaje się za dużych porcji pokarmu.

W przypadku akwariów roślinnych w których wystąpił niedobór azotanów powodujący zahamowanie wzrostu roślin, należy wprowadzić suplementacje odpowiednim nawozem azotowym bądź uniwersalnym nawozem makroelementowym z jednoczesną ciągłą kontrolą stężenia azotanów przy pomocy testu.