Amoniak jest produktem bakteryjnego rozkładu aminokwasów pochodzących z zalegającej w akwarium materii organicznej, której źródłem są odchody ryb, resztki pokarmu, martwe zwierzęta lub części roślin i glonów. Przyczyny podwyższonego poziomu tego związku należy szukać w niedostatecznie częstych podmianach wody, osłabionej filtracji, nadmiernym karmieniu, przerybieniu zbiornika, rzadkim oczyszczaniu podłoża.

Należy pamiętać że pomiar stężenia amoniaku a także pozostałych składowych cyklu azotowego (azotyny, azotany) może być zawyżony po zabiegach ingerujących w podłoże akwarium, takich jak przykładowo odmulanie bądź grzebanie. Taki stan może utrzymywać się ponad dobę.

Dojrzewanie nowego zbiornika

W nowo założonym akwarium pierwsze bakterie nitryfikacyjne pojawiają się wraz z roślinami bądź ozdobami pochodzącymi z dojrzałego zbiornika. Innym źródłem może być porcja osadu z filtra pochodzącego z dojrzałego akwarium, jednak pewniejszą metodą zaszczepienia wody jest wykorzystanie gotowego preparatu z kulturami bakterii, które dodaje się do wody bądź nanosi na wkłady w filtrach. 

W celu rozpoczęcia przemian azotu, jako źródło amoniaku wystarczy szczypta pokarmu wprowadzana raz dziennie. Wzrost stężenia amoniaku pozwala z kolei na rozwój bakterii z rodzaju Nitrosomonas i napędzanie przemiany tego związku do niewiele mniej toksycznych azotynów (NO₂^–). Ten związek ulega dalszemu utlenieniu do azotanów (NO₃^–) przez bakterie z rodzaju Nitrobacter, Nitrospira. Początkowo, przez niedostateczną ilość bakterii nitryfikacyjnych stężenie amoniaku bardzo szybko rośnie i osiąga toksyczne wartości. Codzienne monitorowanie zmian zawartości tego związku pozwala na ustalenie kiedy można przejść do wpuszczenia pierwszych zwierząt. Warto równocześnie z pomiarem stężenia amoniaku monitorować jak zmieniają się stężenia pozostałych składowych cyklu azotowego: azotynów oraz azotanów aby wiedzieć kiedy zbiornik dojrzał. Zależnie od akwarium może to trwać nawet kilka miesięcy.

Amoniak jest silnie toksycznym związkiem chemicznym, który dla większości zwierząt wodnych już przy niewielkich stężeniach stanowi zagrożenie życia. W wodzie amoniak występuje w dwóch postaciach – wolnej (NH₃) oraz zjonizowanej (NH₄⁺). Istotą niebezpieczeństwa amoniaku jest to, że jako cząsteczka NH₃ przechodzi on znacznie łatwiej przez błony komórkowe niż jon NH₄⁺.

U kręgowców wysokie stężenie tego związku uszkadza komórki układu nerwowego. Do oznak zaburzeń u ryb, które powinny zaniepokoić akwarystę  można zaliczyć: szklistość oczu, brak równowagi, poirytowanie, niezgrabne poruszanie się skutkujące zranieniami (obijanie się o szyby) a w przypadku silnego zatrucia – konwulsje, śpiączkę i śmierć.

Aby dowiedzieć się jakie jest stężenie wolnego amoniaku przy pomocy testu kropelkowego należy podkreślić, że za jego pomocą oznacza się sumę stężeń formy wolnej i zjonizowanej. Dopiero w następnym etapie, wiedząc jakie jest pH badanej wody można za pomocą tabeli z gotowymi przeliczeniami ustalić jakie stężenie NH₃ panuje w akwarium. Wynika to z zależności, gdzie wraz ze wzrostem pH (powyżej 7) rośnie zawartość toksycznego dla ryb i bezkręgowców NH₃ natomiast przy wartościach pH niższych niż 7, przeważa zawartość jonu NH₄⁺. Zarówno w akwariach rafowych, morskich z samymi rybami (typu „fish only”) i słodkowodnych, amoniak powinien pozostawać najlepiej na poziomie niewykrywalnym bądź mniejszym od 0,1 mg/L. Powyżej tej wartości przy przedłużającej się ekspozycji stężenie amoniaku zaczyna wywoływać efekty toksyczne.

Co jednak, jeśli w dojrzałym akwarium według testu zawartość sumy stężeń amoniaku i jonów amonowych przekracza 0,1 mg/L a w tabelce odczytana zawartość wolnego amoniaku jest w zakresie bezpiecznym? To również niepokojący sygnał, który powinien zasugerować, że filtr biologiczny nie jest w stanie przetworzyć produktów rozkładu. Należy wtedy poszukać przyczyny takiego stanu, na przykład upewnić się, że na dnie nie zalega pokarm bądź martwe zwierzęta.

• zastosować preparaty neutralizujące amoniak lub obniżające pH – produkty, które do tego służą pozwolą „kupić” trochę czasu jeśli sytuacja w zbiorniku jest bardzo zła. Nie powodują one jednak, że amoniak znika a jedynie, że będzie on występował w mniej toksycznej formie. Następnym krokiem bezwzględnie musi być podmiana wody. Trzeba pamiętać, że nie każde zwierzęta zniosą obniżenie pH, wtedy od razu trzeba przystąpić do podmiany wody.
• intensywna podmiana wody –  to skuteczny sposób na zmniejszenie stężenia niepożądanych związków szkodzących mieszkańcom akwarium, nie tylko amoniaku. Zabieg ten najlepiej wykonać (można równocześnie przeprowadzić odmulanie), spuszczając nawet 40-50% wody i w razie potrzeby przeprowadzać podmianę codziennie aż do unormowania się sytuacji.
• wzmocniona filtracja uzupełniona filtracją chemiczną – pomoże to usunąć różnego rodzaju drobne zanieczyszczenia. Ponadto zastosowanie chemicznych mediów filtracyjnych o właściwościach sorpcyjnych np. zeolitu lub żywic jonowymiennych pomoże wychwycić nadmiar związków azotowych, fosforanowych i innych zanieczyszczeń chemicznych.

Ostatecznie, wszystkie te kroki nie uratują na dłuższy czas stanu zbiornika jeżeli nie zostanie znaleziona i usunięta przyczyna tego stanu rzeczy, gdyż przez to problem będzie nawracać.

• regularna podmiana wody –  średnio co tydzień wymiana 15-40% objętości zbiornika zależnie od obsady (niektóre gatunki ryb będą bardziej „brudzące” i ich akwaria wymagają większych podmian)
• odmulanie podłoża – przeprowadzane równocześnie z podmianą wody
• pozbywanie się glonów z szyb i martwych części roślin
• szybkie usuwanie martwych ryb
• unikanie przerybienia akwarium
• adekwatne karmienie do potrzeb ryb – zalegający pokarm będzie szybko się rozkładał, ponadto ryby będą pozostawiać więcej odchodów
• dbanie o bakterie nitryfikacyjne – często popełnianym błędem u początkujących akwarystów jest płukanie gąbki filtra w wodzie z kranu co wyjaławia ten element i usuwa znaczną część pożytecznych bakterii. Można zaopatrzyć się w gotowe preparaty bakteryjne, które po dodaniu do np. wkładu z bioceramiki w nowym filtrze pomogą w szybszym zasiedleniu go przez bakterie nitryfikacyjne
• regularne sprawdzanie parametrów wody i ich zapisywanie – pozwala na wczesne wychwycenie zmian w stężeniach różnych szkodliwych związków dzięki porównaniu otrzymanych wyników z poprzednimi pomiarami